南充市慈善总会设立秘书处，秘书长1名，副秘书长若干名。秘书处（秘书长、副秘书长）由理事会选举产生，对理事会负责。

主要职责：负责主持本团体日常工作，组织实施年度工作计划；协调分支机构、代表机构、实体机构开展工作；提名副秘书长以及各分支机构、代表机构和实体机构主要负责人，交理事会或常务理事会决定；决定办事机构、代表机构、实体机构专职工作人员的聘用和管理工作；负责重大慈善活动的组织和实施工作；负责其他日常事务。

南充市慈善总会秘书处下设综合协调部门、项目管理部门、财务管理部门。

南充市慈善总会综合协调部门。简称“综合部”，围绕总会的总目标和总任务，发挥协调上下沟通联动作用，作为领导的参谋助手，为相关的各级机构和各部门服务。协助制定总会战略规划，完善相关管理制度和流程，负责理事会等重要会议和活动的组织安排，协调总会综合性工作和行政性事务工作，与民政局等政府部门对接工作以及总会会员发展、管理、联络和服务工作等。

南充市慈善总会项目管理部门。简称“项目部”，主要负责制定项目发展规划，制定规划慈善公益项目，发展专项基金工作，建立完善项目管理制度和运营体系，负责线上信息系统的日常运营和管理，做好项目办公室人员管理和培训，建立完善项目风险控制体系等。

南充市慈善总会财务管理部门。简称“财务部”，根据总会发展规划，制定健全总会财务制度和业务流程等管理体系，负责办理总会财务日常业务，银行账号、发票的日常管理及社会捐赠统计工作，管理监督总会各项资产，对接银行、财政、税务及各级审计单位，负责审核或参与总会重大合同、协议及其他重要经济文件的拟定，参与对重大投资项目和经营活动的风险评估、指导、跟踪和财务风险控制等。